Phim Biệt Đội Tiêm Kích kể về Tae Hun (Bi Rain). Sau màn trổ tài gây náo loạn và rắc rối tại triển lãm hàng không thường niên, anh chàng bị điều về đội bay chiến đấu mang tên Phi đội chiến đấu 21.
Sau khi thực hiện một nhiệm vụ liều lĩnh nguy hiểm tại một triển lãm hàng không, phi công Air Force Hàn Quốc Tae-hun bị đuổi ra khỏi đội bay ưu tú bay Eagles và chuyển giao cho một đơn vị chiến đấu, nơi anh ta ngay lập tức đi vào cuộc xung đột với người đồng nghiệp khác là Cheol-hui . Anh ta đã kết bạn với các phi công khác trong đơn vị và phải lòng với người đẹp Se-young, người phụ trách bảo trì, nhưng trò hề của anh ta làm cho tòan đơn vị bị đình chỉ nhiệm vụ. Khi máy bay chiến đấu MIG của Bắc Triều Tiên đe dọa, nhóm được gọi trở lại vào một cuộc không chiến ác liệt đã làm cho một đồng chí đã chết và một mất tích. Cheol-hui và Tae-hun tham gia lực lượng để giải cứu bạn bè của họ mất tích và ngăn chặn một cuộc chiến tranh thảm khốc.
Tại đây, Tae Hun gặp lại người bạn học cũ của mình là Yu-jin (Lee Ha Na) và thủ lĩnh của biệt đội Đại bàng đen – Dae Seo (Kim Sung Soo). Tae-hun dần dần thích nghi với môi trường mới và những người bạn đồng nghiệp nhưng không thể nào tránh được những pha đối đầu với thủ lĩnh của biệt đội Chim ưng – Cheol Hui (Yu Jun Sang), người được coi là tay súng đỉnh cao của Phi đội chiến đấu 21.
Để bảo vệ danh dự của mình, cả hai tham gia vào một cuộc đấu trên không và lần đầu tiên Tae Hun biết đến mùi thất bại. Anh mời chuyên gia cơ khí Se Yeong (Shin Se Kyung) trông coi và sửa chữa máy bay phản lực của mình để có thể giành chiến thắng trước Cheol Hui cho một cuộc đấu về sau.
Một ngày nọ, một chiếc tiêm kích không xác định được tung tích bất ngờ xuất hiện trên bầu trời Seoul và đặt những người lính của Phi đội chiến đấu 21 trước một cuộc chiến. Rất có thể đây là khởi đầu cho cuộc chiến tranh nguyên tử. Tae Hun cùng những đồng đội của mình sẽ chiến đấu ra sao để bảo vệ sự an bình cho những người dân vô tội, đồng thời hoàn thành sứ mệnh tối thượng, mạo hiểm khi quyết định lao thẳng vào lãnh thổ của đối phương?